目前，物流园区的运营管理模式基本分为三大类：政府自上而下的管理模式，（物流）企业自下而上的自发建设模式，政企联合模式。其中，政府主导的自上而下的管理模式较为普遍，如日本的Keihin物流园区，德国的Dresden物流园区，中国的北京空港、深圳平湖和南京龙潭物流园区等。

　　日本物流园区的运营管理方式大体可分为四种：协同组合、半官半民、个别经营和共同出资。根据2011年度国际信息研究所的数据显示，日本44%的物流园区采用协同组合的方式，35%采用半官半民方式，而采用个别经营或共同出资方式的物流园区仅占日本园区总数的13%和8%。由此可见，日本物流园区的经营管理模式以协同组合和半官半民这两种方式为主导，宏观上统筹调控，微观上自由放开。以东京的足立物流园区为例，由政府部门指派人员担任董事长，指导监督园区运营，上游由10家大型供应商组成，中游由中间批发商自发组织经营，技术和平台以及售卖方式均由企业自主决定。在这种半官半民方式下，由足立物流园区配送的商品既能保证质量和速度，又能保证价格控制在一定范围内，同时政府对于土地使用的优惠政策也减轻了这些企业的资金压力。

　　法国、英国、西班牙和德国等欧洲国家的物流园区，多采用公共私营合作的运营管理模式（PPP模式）。因为在这些国家，物流园区更多体现的是它的公共服务的属性而非盈利属性。2011年国际信息研究所公布的关于德国图林根物流园区初期投资组合的数据充分体现了这一特点，政府、州经济开发部和联邦铁路投入了绝大部分资金（九成以上），各占42.5%、35.5%、14.7%，而行业协会的投入只占了不到一成。德国政府通过这种方式，减弱了图林根物流园区的盈利性质，大大增强了其公共属性。

　　在中国，物流园区无论是政府主导、企业主导还是政企联合的模式，都始终将进行企业化经营的物流公司作为园区的经营主体，但同时无一例外地离不开政府部门的支持和指导。我国物流园区的运营管理模式主要以政府自上而下为主导，政府进行行政管理，公司进行有限自由经营。一般采用的方式是：政府委派工作人员在园区成立园区委员会，负责园区内的一切行政事务，提供政府服务，承担社会管理职能；园区建设企业或行业协会组成物流园区管理公司，提供物业管理、项目管理、基础设施开发、园区总体策划、宣传等服务，但不参与园区内企业的经营活动；园区内企业实行自主经营。《2006年全国物流园区发展调查报告》对205家物流园区的管理经营模式做了调查，结果显示：179家物流园区采用政府主导或者政企联合主导，占总数的87%，仅有26家园区采用企业自发建设模式，占总数的13%。